یکی از دلایل بسیار مهمی که برخی از دانشمندان را به سوی الحاد سوق می دهد، عدم ِفهمِ دقیق از متون الهیات است.

بسیاری بر این باور هستند که الهیات یا همان مابعدالطبیعه، سنگین ترین بخش از علوم فلسفی متداول بوده است؛ از این رو فلاسفه ابتدا منطق می‌خواندند، سپس علوم طبیعی که شامل فیزیک شیمی و مانند آن را و سپس وارد الهیات می‌شدند.

سنگینی مباحثِ بخش الهیات بیشتر به خاطر غیر مادی بودن تمامی مفاهیم (مانند خداوند، وحی، عقل و …) می باشد. از این رو بیراه نگفته ایم اگر ادعا کنیم که بسیاری از دانشمندان، مباحث سنگین و دقیق الهیات را نفهمیده اند و از این رو به الحاد و انکار خدا دچار شده اند، حتی اگر در علوم دیگر، کاملاً حاذق نیز باشند.

اما یک شاهد برای این مدعی می آوریم: ابن سینا از معدود نوابغ روزگار، پیرامون سنگینی مباحث الهیات این چنین مینویسند:

«پس از آن به الهیات رو آوردم و به مطالعه کتاب مابعد الطبیعه ارسطو اشتغال ورزیدم، ولی چیزی از آن نمی‌فهمیدم و غرضِ نویسنده را از آن سخنان درنمی‌یافتم از این رو دوباره از سر خواندم و چهل بار تکرار کردم. چنان‌که مطالب آن را حفظ کرده بودم اما به حقیقتِ آن پی نبرده‌ بودم. چهرهٔ مقصود در حجابِ ابهام بود و من از خویشتن ناامید می‌شدم و می‌گفتم مرا در این دانش راهی نیست. یک روز عصر از بازار کتابفروشان می‌گذشتم کتابفروشِ دوره گردی کتابی را در دست داشت و به دنبال خریدار می‌گشت به من درخواست کرد که آن را بخرم من آن را خریدم، اغراض مابعدالطبیعه نوشته ابونصر فارابی، هنگامی که به در خانه رسیدم بی‌درنگ به خواندن آن پرداختم و به حقیقت مابعدالطبیعه که همه آن را از برداشتم پی بردم و دشواری‌های آن بر من آسان گشت. از توفیق بزرگی که نصیبم شده بود بسیار شادمان شدم. فردای آن روز برای سپاسِ خداوند که در حل این مشکل مرا یاری فرمود. صدقه فراوان به درماندگان دادم.»

باید دقت داشت که بو علی سینا هنگامی که این جمله را گفته بود، بر علومی چون پزشکی، فیزیک و مانند آن خبره و چیره بوده است.

در نتیجه باید بگوییم که با احترام به دانشمندان بزرگی که در زمینه های گوناگون علمی بوده اند و هر کدام کشفیات و پیشرفت های مثمر ثمری داشته اند، اما الهیات نیز برای خود علمی مستقل است که شخص برای فهم آن و اظهار نظر در آن، باید بر آن تسلط داشته باشد و متاسفانه چنین تسلطی در میان اکثر دانشمندان علوم طبیعی چون فیزیک، زیست شناسی و … وجود ندارد.

و این مطلب نیز توهین به آنان نخواهد بود، زیرا آنان، علم خود را مطالعه کرده و پیش برده اند و زمانی برای خواندن و پرداختن به الهیات نداشته اند.